提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
加拿大华侨华人兔年新春活动陆续登场******
中新社多伦多1月6日电 (记者 余瑞冬)农历癸卯年新春临近,加拿大各地华侨华人的一系列迎新春活动正陆续登场。
各地华人同乡会、文艺团体等已从去年底开始举办各类迎新春活动。年节气氛已渐入高潮。
在加拿大最大城市多伦多,以中国音乐指挥家李德伦之名命名的李德伦音乐基金会定于1月7日举办“中西汇粹”新年音乐会,从而拉开多伦多“欢乐春节”系列活动的序幕。此次演出将由中国青年女指挥家崔琳涵执棒。这也是始于2002年的该贺岁音乐会因新冠疫情中断两年后首度恢复演出。
紧接其后,加拿大中文媒体记者协会等主办的“中国故事中国年”加拿大华侨华人春晚将于8日上演。多伦多众多华人文艺团体将奉献歌舞、器乐、戏曲曲艺、武术等节目。多伦多华人艺术家中心14日将举办中西合璧的“歌扬乐舞迎新春”音乐会。大年初一,加拿大皇家天使交响乐团将为多伦多乐迷们奉献世界名曲新春交响音乐会;加中体育文化交流中心等机构则将在冰场举行一场别具特色的“迎新春冰上嘉年华”。
多伦多中区唐人街在除夕及大年初一将举行系列节庆活动,民众可欣赏传统舞狮、民间舞蹈,也可体验书法、麻将,品尝中式美食等。
在加拿大西海岸的温哥华,加拿大华人联合总会第21届春晚也将在7日晚亮相。由当地舞蹈教学机构与爱好舞蹈的义工团体联袂举办的“春之舞”晚会,以及“加中亲善大使”大山主持、青少年音乐艺术爱好者们担纲主角的“春之声·欢乐颂”新年慈善音乐会将先后于14日、15日举行。
加拿大华人社团联席会将于除夕日在大温哥华地区一处大型购物中心举办首届中国春节文化庙会,届时将呈现多彩的“中国风”文艺节目,并进行丰富的中国传统文化展示。大年初一,温哥华中华会馆等众多侨团机构及其他族裔团体将在唐人街恢复举办中断两年的春节庆会。其中的主打活动——华埠春节大巡游已是温哥华颇具代表性的多元文化节庆活动之一。
在蒙特利尔,多家侨社团体和机构共同举办的、以“友谊地久天长”为主题的第七届枫花雪乐中国春节晚会将于1月10日上演。艺术家们将带来中西交融的各类节目。蒙特利尔华人联合总会将在14日举办“温暖迎春”侨学界春节联欢晚会暨优秀学生奖学金颁发典礼。唐人街也将在大年初一迎来新春游行。
在卡尔加里,农历小年和春节的两个周末,卡城中华文化中心都将举行新春嘉年华活动。
此外,加拿大多所高校的中国留学生们也将举办多场洋溢青春气息的春晚。
进入兔年正月后,新春节目仍将不断。加拿大中国戏曲艺术协会主办的“玉兔迎春梨园情”海外新年戏曲晚会将于1月29日在多伦多粉墨登场。由加拿大多地华星艺术团等团体主办的“四海同春·华星闪耀”2023加拿大春晚将自1月28日至2月中旬先后在温尼伯、多伦多、渥太华、温哥华和蒙特利尔五大城市上演,为各地民众奉献中西交融的歌舞、器乐、杂技等精彩节目。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)